Tras la invasión del imperio de Britannia, Japón (renombrado como área 11) se ha convertido en una de sus colonias y sus habitantes en parias despreciados por la sociedad Britannica. Lelouch, un ex miembro de la realeza que luego de un atentado que matara a su madre y dejase ciega a su hermana vive como un estudiante normal, se convertirá en la única persona capaz de enfrentarse al poderoso imperio Británnico contando como arma con el poder que una misteriosa joven, que formó parte de experimentos secretos del gobierno, le entregue en su lecho de muerte.